Ioannis lahir di Korfu kepada suatu keluarga bangsawan.[15] Ayahnya, Antonios Maria Kapodistrias (Αντώνιος Μαρία Καποδίστριας), seorang pelukis dan ahli politik.[5][16]Keluarga mereka berasal dari Capodistria (now Koper) di Slovenia,[17][18] naungan Republik Venezia di mana seorang moyang mereka dikurniakan darjat bangsawan Libro d'Oro memberi gelaran conte oleh Carlo Emmanuele II, pembesar Savoia pada tahun 1679.[19]

Beliau melanjutkan pelajaran di Universiti Padua dalam bidang perubatan, falsafah dan undang-undang pada tahun 1795–97. Beliau memulakan pekerjaannya sebagai seorang doktor di Korfu sehabis pengajiannya pada usia 21 tahun.[5][6][20][21][22]

Pada 1799, Korfu ditakluk seketika oleh pihak Rusia dan Turki, dan Kapodistrias dilantik pihak-pihak ini sebagai ketua pemgarah kesihatan hospital tentera didirikan di sana.